Auf classoutfit.com findet sich eine sehr umfangreiche Beschreibung, wie sich eine Datenbank für CakePHP (und sicher auch für allgemeine MySQL-Projekte) optimieren und damit die Geschwindigkeit von CakePHP verbessern lässt:
http://articles.classoutfit.com/2010/02/cakephp-basic-database-table-tuning-tips/